Một số tác giả cho rằng: báo cáo khoa học đầu tiên trên thế giới về di truyền liên kết với giới tính là của Doncaster và Raynor vào năm 1906, khi họ nghiên cứu quá trình kế thừa màu cánh của một loài bướm đêm là Abraxas grossulariata.[9] Tuy nhiên, nhà di truyền học người Mỹ là Tômat Moocgơn (Thomas Hunt Morgan) được đánh giá là người không chỉ phát hiện, mà còn giải thích đúng đắn về kiểu di truyền này khi ông nghiên cứu trên ruồi giấm (Drosophila melanogaster) vào khoảng năm 1908 - 1910.

Những năm đầu của thập niên 1900, Moocgơn (Thomas Hunt Morgan) đã tình cờ phát hiện ra trong một quần thể ruồi giấm (Drosophila melanogaster) nuôi ở “phòng thí nghiệm ruồi” của mình có cá thể đực mắt trắng, khác hẳn tất cả các cá thể ruồi đã biết luôn có mắt đỏ. Ông thí nghiệm “lai theo kiểu Mendel” về 1 tính trạng thuần chủng: cho lai ruồi đực mắt trắng mới phát hiện này với ruồi cái mắt đỏ thuần chủng (P), thì thu được tất cả ruồi F1 mắt đỏ. Khi cho F1 giao phối với nhau đã thu được F2 có trung bình 75% số ruồi mắt đỏ: 25% số ruồi mắt trắng, nghiệm đúng tỉ lệ 3 trội: 1 lặn mà Mendel đã chỉ ra; nhưng có điều đặc biệt là ruồi con mắt trắng đều là giống đực.[3][5][10][11] Thí nghiệm lai của Moocgơn cũng còn tiến hành theo cách lai nghịch, nghĩa là ông theo truyền thống của Menđen nghiên cứu trên đậu Hà Lan trên cùng một đối tượng nhưng theo phương thức lai thuận nghịch. Kết quả lai thuận nghịch đó trình bày tóm tắt ở trang lai thuận nghịch (reciprocal cross).

Bởi vậy, ông cho rằng màu mắt ruồi di truyền bị giới hạn bởi giới tính (sex limited inheritance).[11] Để kiểm tra điều này, ông cho lai ruồi đực mắt trắng với ruồi cái F1 (mắt đỏ dị hợp) thì thu được F2 gồm: 29 cái mắt đỏ: 132 đực mắt đỏ: 88 cái mắt trắng: 86 đực mắt trắng, khác hẳn định luật Mendel.[11] Từ đó, dựa vào giả thuyết di truyền nhiễm sắc thể đã công bố năm 1903 của Theodor Boveri và Walter Sutton, ông giả thuyết rằng: đặc điểm màu mắt được di truyền gắn với giới tính do gen này ở trên nhiễm sắc thể giới tính X.[12] .

Ngày nay, người ta đã biết rằng: ở ruồi giấm thì alen quy định màu mắt đỏ là trội (Morgan coi đây là alen hoang dã trong tự nhiên và ông ký hiệu là dấu “+”) định vị tại vùng không tương đồng của nhiễm sắc thể giới tính X, còn alen tương ứng quy định màu mắt trắng là đột biến lặn (ông kí hiệu là w, lấy chữ cái đầu của từ "white" là màu trắng). Nhiễm sắc thể giới tính Y của ruồi giấm không có lôcut này, nên sơ đồ thí nghiệm 1 tóm tắt là:

P: ♂ mắt trắng (XwY) × ♀ mắt đỏ (X+X+)

F1: ♀ X+Xw (đỏ) và ♂ X+Y (đỏ)

F2: 1 ♀ X+X+ (đỏ): 1 ♀ X+Xw (đỏ): 1 ♂ X+Y (đỏ): 1 ♂ XwY (trắng).

Điều này giải thích được tại sao thế hệ F2 phân li 3 trội: 1 lặn như ở định luật Mendel, nhưng cá thể nào mắt trắng thì phải là con đực bởi con đực chỉ cần 1 alen là màu mắt đã biểu hiện. Trường hợp này là phương thức di truyền gen lặn liên kết X.